Ιχθυοπανίδα
Μεγάλο επιστημονικό και οικολογικό ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα διάφορα είδη γλυκόψαρων που κατανέμονται στα ποτάμια, ρυάκια, αρδευτικά και αποστραγγιστικά κανάλια της περιοχής. Ορισμένα από αυτά τα είδη παρουσιάζονται ως ενδημικά αυτής της γεωγραφικής ζώνης όπως το Γλανίδι (Silurus aristotelis), η Τσερούκλα (Scardinius acarnanicus), η Δροσίνα (Leuciscus svallize), η Τριχωνοβελονίτσα (Gobitis trichonica) και ο Νανογωβιός (Economidichthys trichonis).
Το πλέον χαρακτηριστικό είδος ψαριού της λιμνοθάλασσα είναι ο Γοβιός (Gobius gobius) του οποίου η κατανομή συμπίπτει ακριβώς με αυτή της λιμνοθάλασσας και γενικότερα των υφάλμυρων νερών της περιοχής. Απαντώνται τα 5 είδη Κέφαλου δηλαδή ο Κέφαλος (Μugil cephalus), το Μυξηνάρι (Liza aurata), ο Γάστρος (Liza saliens), ο Λαυκίνος (Chelo labrosus) και η Βελάνισσα (Liza ramada) στα οποία στηρίζεται σε μεγάλο βαθμό η αλιευτική παραγωγή της λιμνοθάλασσας. Επίσης και στο Λαυράκι (Dicentrarhus labrax) και στην Τσιπούρα (Sparus aurata). Ορισμένα είδη ψαριών της θάλασσας όπως o Σπάρος (Diplodus annularis), η Μουρμούρα (Lithognathus mormyrus), η Κουτσομούρα (Mullus barbatus) κ.α. απαντώνται και στη λιμνοθάλασσα αλλά εντοπίζονται βασικά στη μεταβατική ζώνη μεταξύ αυτής και της θάλασσας. Άλλα είδη είναι τα :
Platichthys flesus luscus Γλώσσα ή Χωματίδα
Diplodus sargus Σαργός
Puntazzo puntazzo Μυτάκι
Στα σημεια όπου υπάρχουν ή εισρεουν γλυκα νερά (ρυακια, χειμαρροι, αποστραγγιστικες ταφροι) υπάρχουν είδη ψαριών χαρακτηριστικα των γλυκων νερων όπως:
Gyprinus carpio Κυπρίνος
Carassius auratus Πεταλούδα
Tinca tinca Γληνί
Leuciscus cephalus Κέφαλος του γλυκού νερού
Rutilus rutilus Δρομίτσα
Scandinius erythrophthlmus Κοκκινοφτέρα